Deux ans après la défaite de Sin, de nombreux groupes se sont formés et ont entammés la reconstruction du royaume de Spira. Yuna est vivement sollicitée de tous cotés, et en particulier par l'Alliance des Jeunes, dirigée par Nooj. Elle s'y refuse, préférant se consacrer corps et âme au salut du nombre, plutôt qu'à celui d'un groupe idéologique particulier. Sur ces entrefaites arrive Rikku, tenant une Memory Sphère à la main. En regardant à travers, les trois amis y voient Tidus, apparement prisonnier dans une étrange cage sous-marine, proclamant son innocence quant à l'utilisation des Machines qu'il a été contraint de faire... Après quelques tergiversations, le groupe se décide à partir à sa recherche. Comme Yuna est devenue très connue, et afin d'agir plus discrètement, Rikku a prévu des habits de rechange pour tout le monde. L'aventure peut alors commencer...